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En las montañas de Ararat, Turquía, donde según la Biblia cayó el arca de Noé, un grupo de investigadores deja de dar señales de vida. Se trata de una patrulla de Arcam, una organización ocupada de buscar los enigmas de antiguas civilizaciones extinguidas, y cuyos miembros se hacen llamar "Spriggan". Paralelamente, una poderosa fuerza magnética surge de la montaña provocando la desaparición de tres satélites militares estadounidenses. En Japón, seis meses más tarde, el Spriggan Yu Ominae recibe un anónimo mensaje-bomba con el texto: "Noé será tu tumba". Rápidamente se dirige a la Delegación Japonesa de Arcam, donde junto a un nuevo mensaje ("Tu hora se aproxima"), encuentra una foto de los cuerpos de los investigadores de ararat con muestras de haber sido víctimas de un ataque. Yu vuela inmediatamente a Turquía, en contra de la voluntad de los dirigentes de Arcam. Allí se encuentra con un pelotón de soldados enviados por el Pentágono para hallar el Arca y con el Dr. Miesel, un veterano científico experto en el tema. Atacados por dos cyborgs, Yu y otro Spriggan se enfrentan a ellos con su uniforme especial de la lucha. La guerra que determinará la supervivencia de la humanidad acaba de empezar.